Les mélanges ActiveCell et décalages, ça ne donne jamais rien de bon, il vaut mieux travailler sur des Offset et supprimer ces incrémentations manuelles de lignes à coups de Range("e2:e" & l) qui relèvent du bricolage, même si on les voit souvent dans des macros qui se veulent des exemples à suivre.
De plus, comme tu travailles toujours sur la sélection, ta boucle n'avance jamais, ce qui fait qu'elle tourne sans fin (éviter de travailler sur les sélections).
En tout cas, voilà ta macro corrigée, elle ira plus vite.
Option Explicit
Sub Test()
'Ti
Dim Cel As Range, plage As Range
Application.ScreenUpdating = False
With ActiveSheet
Set plage = .Range("A2", .Range("A2").End(xlDown))
End With
For Each Cel In plage
If Cel.Value <> "" Then
With Cel
.Offset(0, 4).FormulaR1C1 = "=IF(RC[-4]="""","""",IF(RC[-4]=""av"",-RC[-1]/100,RC[-1]/100))"
.NumberFormat = "0.00_ ;[Red]-0.00 "
.HorizontalAlignment = xlCenter
.VerticalAlignment = xlBottom
.WrapText = False
.Orientation = 0
.ShrinkToFit = False
.MergeCells = False
End With
End If
Next Cel
Application.ScreenUpdating = True
End Sub