Du coup voici le code qui fonctionne :
Note : Je savais que les onglets à exporter étaient toujours les 5 premiers c'est pour cela que j'ai changé la méthode de selection. En passant avec une selection par nom comme initialement prévue (Lundi,Mardi,...), j'avais toujours des feuilles manquantes car les onglets sont nommés une fois en majuscule puis une autre fois en minuscule...bref casse différente à chaque fichier.
Sub t2()
Dim wb As Workbook
Dim rep As String
Dim onglet As Variant
rep = "MASQUE VOLONTAIREMENT" 'Repertoire du fichier PDF
onglet = Array(1, 2, 3, 4, 5)
Application.ScreenUpdating = False
onglet = Array(1, 2, 3, 4, 5)
For Each wb In Application.Workbooks
wb.Activate
Sheets(onglet).Select 'Selection des feuilles à exporter
wb.ActiveSheet.ExportAsFixedFormat Type:=xlTypePDF, Filename:= _
rep & wb.Name, Quality:= _
xlQualityStandard, IncludeDocProperties:=True, IgnorePrintAreas:=False, _
OpenAfterPublish:=True
Next wb
Application.ScreenUpdating = True
End Sub